Una Academia Pontificia es una institución que opera bajo el auspicio y autoridad del Papa, con fin de promover y fomentar la investigación y el estudio en diversos campos del conocimiento. Los legionarios de Cristo cuentan con cuatro sacerdotes miembros de Academias Pontificias: el P. Rodero es miembro de la Pontificia Academia Mariana Internacional; los padres Carrara y Miranda, de la Pontificia Academia para la Vida; y el P. Barrajón, de la Pontificia Academia de Teología.